基于Alpha-NMF的AD样本分类及特异性基因选择方法
由于NMF算法受初值和维数r的影响，因此对每组实验分别取r=2，3，4，5时运行NMF算法20次。为了衡量由于r值选取不同导致的聚类的稳定性问题，定义了一个共表型相关系数(图3分类稳定性比较)，共表型相关系数越接近于1，分类越稳定。本文引用地址：http://www.eepw.com.cn/article/193834.htm
观察图3和图4的结果，通过比较可以发现，随着r的增加，其相关系数和分类正确率普遍降低，当r=2时，其分类稳定性和识别正确率明显高于r=3，4，5时的情况。此时，Alpha-NMF算法相比标准NMF算法具有较高的分类准确性和稳定性。尤其当α=0．5时，效果最佳。因此，选择Alpha-NMF算法α=0．5，r=2处理后的集合基因，如图2所示，选择某一阈值(此处阈值为50)，可以分别提炼出268个(HIP)、172(EC)个探针表达变化具有显著差异。
4 讨论
4．1 特异性基因及其功能分类
将上节提炼出的探针号与AD基因组进行比对，共确定有320个基因为特异性基因。这些基因主要于细胞信号传导、物质代谢、物质传输等生物过程有关。
MiMI(Michigan Molecular Interactions)是国家卫生研究所疾病预防控制综合生物情报中心中的一部分。它可以提供蛋白质间的相互作用，并且利用这些数据进行融合，集合成一个复杂的网络；还能检索大量基因的生物功能。
使用MiMI对上上述特异性基因进行功能分类，其中有88基爵在GO(Gene Ontology)上没有注释，因此没有对其分类，仅对其余的232个基因进行分类，根据分类结果，主要分为以下几类：1)物质代谢过程；包括蛋白质代谢、细胞氮化合物代谢、核苷酸代谢；2)细胞周期过程，包括细胞形态发生和发展、细胞自动调节机能、生殖细胞形成；3)定位过程，包括蛋白质定位、细胞定位、大分子定位；4)细胞成分组织，包括细胞内大分子聚集、细胞膜组织以及细胞内各器官组织；5)生物合成过程，包括核苷酸合成、小分子合成；6)基因表达、转录、翻译；7)神经系统调节，包括神经元的形成、神经突触传导、神经元变异、神经传导素生成及传输；8)细胞凋亡；9)物质运输，包括ATP水解耦合质子运输、阳离子运输、胞内蛋白质运输、离子跨膜运输。上述基因功能分类如表1所示。
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